Pcr görs för att amplifiera den klonade genen.
För att sedan kontrollera vårt dna görs en gelelektrofores som innebär att man separerar nukleinsyrorna.
Vi fyllde våra 6 brunnar med våra olika lösningar i denna ordning:pcr-prov,markör IX,plasmid,markör III,positiv kontroll,negativ kontroll.Trots bra fyllning av brunnarna hände något på vägen,vilket varken vi eller lärarna kunnat reda ut.Det fanns inte ett spår av färg eller vandring i gelen.Resultatet fotades under uv-ljus.Man kan se spår av att en vandring av nukleinsyrorna har påbörjats men sedan har alltså något inträffat.Första fotot nedan är vårat resultat.
Fotot nedan är ett resultat på en lyckad gelelektrofores
Brunn 1:negativ kontroll
Brunn 4:Positiv kontroll
Brunn 5:markör III
Brunn 6: plasmid
Brunn 7:markör IX
Brunn 8:PCR prov
PCR är inte helt perfekt då smear kan urskönjas,detta kan bero på kontaminering eller inte helt optimalt med primrarna. Dock visar resultatet en utmärkt plasmidprep och påvisningpå att LL37 genen finns i provet.
1.Blev resultatet bra eller dåligt?
Med tanke på att nåt hände och alla våra prover "försvann" mer eller mindre så kan jag ju inte påstå att resultatet blev särskilt bra.Varför detta skedde vet man som sagt inte orsaken till.
Mystiskt med er elektrofores...
SvaraRaderaDu skriver bra om vad man får ut av absorbansmätningen. Kanske kunde det vara bra att få med vilken ytterligare information man får ut om plasmidpreparationen från elektroforesen, men det kanske kommer när ni ser hur er egen plasmid ser ut.
Du har rätt i att det är mycket smear från PCR-amplifieringen och det beror förmodligen, som du skriver, på dålig kvalitet på primrarna. Det är dock inte kontaminering. Med kontaminering menar man specifik amplifiering men från men från templat ( idetta fall LL37) från någon annan källa än er plasmid.
Annica
Hej Emmeli!
SvaraRaderaTycker du bör förklara mer om vad som händer vid respektive brunn och varför så att man kan förstå bilden mer. Jag förstår heller inte numreringen och vart den börjar. Du kunde även berätta mer om varför plasmidprep. var så utmärkt som Annica nämner i tidigare kommentar.